Nació en 1760 en una antigua casona ubicada frente al convento de San Francisco, hoy lugar conocido como Loma Karapá del Barrio de la Chacarita. A los 27 años contrajo matrimonio con el capitán español José Díaz de Bedoya y en mayo de 1806 quedó viuda. En su viudez, consagró su tiempo y sus bienes en obras de la caridad y a la iglesia, convirtiéndose en mayordoma de la orden de San Francisco.

Su trabajo como estafeta en la Catedral la llevó a convertirse en “mensajera secreta” de las conspiraciones a favor de la independencia paraguaya sin que nadie pudiera sospechar de ella. Vivía frente a la casa de los hermanos Martínez Sáenz, el sitio donde se realizaba las reuniones secretas y se mantenía al tanto de los planes a favor de la independencia. No se descarta que también haya participado de dichas reuniones, sin embargo, su nombre no aparece en ningún acta, pudiendo deberse a que en la época era tan escasa la educación a las mujeres, que Juana probablemente no sabía escribir su propio nombre.

La historia de Juana María se dio a conocer por primera vez luego de 80 años de la revolución, apareciendo en un discurso público en el año 1889 por el escritor y político liberal Juan Manuel Sosa Escalada, que en ese momento se encontraba exiliado y celebrando las fiestas patrias en el Centro Paraguayo Bonaerense en Buenos Aires, Argentina. Se comienza a hablar de Juana María como la matrona paraguaya, abnegada, que oye la misa con el fervor de las almas cristianas y que además es la precursora “poética” de los colores patrios. La argumentación de Sosa Escalada sobre la “heroica mujer” llega a los textos escolares por medio de la divulgación de su lectura a través de la revista para maestros Kavurei, en la edición del 12 de mayo de 1918. La representación de la «heroica dama» se ajustaba a los ideales de comportamiento femenino de la época y comienza a reforzarse ese modelo que la ideología liberal esperaba de las mujeres. Hoy existe un importante trabajo de rescate sobre su vida y sus acciones, tratando de alejarla de la imagen mítica que se construyó sobre ella, para representarla como quien realmente fue: una de las involucradas principales en la revolución de la Independencia.

Juana María de Lara y Villanueva de Díaz de Bedoya fue declarada como Prócer de la Independencia Paraguaya según Decreto Ley N° 4.082/10, convirtiéndose así en la única mujer prócer del Paraguay.